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福州机场检验检疫局前身是福建检验检疫局福州机场办事处，成立于1999年。此次实现“办改局”，将为福州机场检验检疫局工作机制、通关模式创新和惠企政策制定实施赋予更多自主权，推进临空经济区建设进入“快车道”，为服务地方社会经济发展增添强有力的“新引擎”，也进一步跟进福州机场扩容，完善检验检疫口岸查验基础设施建设，建设统一规范的多业务检验检疫集中查验区，改进货物储存条件和检验设备奠定基础。
除了保障口岸卫生安全，福州机场局（办）还肩负着国门生物疫情把关的神圣使命。在促进“生态美”的同时，福州机场局（办）为推进福州地区外向型、开放型经济发展，带动“百姓富”做了大量工作。福州机场检验检疫人用实际行动为福州社会经济发展和空港建设作出突出贡献，各项工作得到上级部门、地方政府和社会各界充分肯定，曾荣获“全国五一劳动奖状”、“全国质检系统先进单位”、“全国检验检疫示范窗口”、“福建省第十届（2006-2008年度）文明单位”、福建省第六届职业道德“十佳”先进集体等多项崇高称号，还曾荣膺国家和省级青年文明号，代表福建检验检疫局参加全国首届质检系统检疫犬技能大赛取得亚军，旅检科荣获“全国口岸卫生检疫为民服务示范岗先进集体”称号。
展望未来，福州机场检验检疫局将以揭牌仪式为契机，进一步融入福州市委、市政府工作中心和全市经济社会发展大局，继续发挥“国门安全闸”和“服务排头兵”并的作用，推动各项工作深入开展。在保障口岸全方面，进一步完善与地方工商、卫生、食品药品监督等部门协作机制，确保口岸食源性疾病和食物中毒“零事故”；全力指导福州机场创卫工作通过国家质检总局专家组预验收，继续加大重点航线和重点人群的检疫查验力度，加强旅客携带物和邮寄物查验。在促进经济发展方面，将持续开展福州临空经济区建设深度调研，主动参与临空经济区建设规划和实施，促成福建检验检疫局出台支持临空经济区建设一揽子政策举措；继续推行各项检验检疫惠企措施，为企业量身定制各项服务；促成福州机场口岸成为进口食用水生动物、进口冰鲜水产品指定口岸，积极打造空运进境冰鲜食用水产品监管链条，推动福州机场成为福建省进口鲜活水产品和种子种苗主要口岸；进一步推进海西中心城市航空交通枢纽发展规划，帮促国际快件中心发展壮大。
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